提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
国家发改委:2022年我国物价总水平平稳 与国际涨幅形成鲜明对比******
光明网讯(记者 丁玉冰)1月12日,国家发展改革委召开2023年首场新闻发布会,介绍稳物价有关工作情况。会上,国家发改委价格司司长万劲松介绍,2022年我国物价总水平持续平稳运行,国内居民消费价格指数(CPI)单月涨幅始终运行在3%以下,全年上涨2%,大幅低于美国8%左右、欧元区8%以上、英国9%左右等发达经济体涨幅,也明显低于印度、巴西、南非等新兴经济体7%—10%(1—11月份)的涨幅。国际胀、国内稳,对比十分鲜明。
万劲松表示,回顾2022年稳物价工作,重点是做好“稳民生商品、稳大宗商品、稳市场预期”三方面工作。
一是以粮食和生猪为重点、以压实“菜篮子”市长负责制为抓手,全力稳定重要民生商品价格。适当提高稻谷、小麦最低收购价,促进粮食稳产增产。及时开展储备调节,缓解生猪猪肉价格大幅波动。定期调度并指导各地建立健全重要民生商品价格调控机制,多措并举抓好保供稳价。
二是以煤炭为“锚”,千方百计稳定能源等大宗商品价格。创新完善煤炭市场价格形成机制,提出煤炭价格合理区间,明确煤炭领域哄抬价格行为认定标准,加快释放煤炭先进产能,实现煤炭价格总体在合理区间内运行。煤炭价格的稳定,为稳电价、稳用能成本奠定了坚实基础。落实好天然气价格政策,充分发挥国产气保障作用,完善中长期供气合同机制,保持国内居民用气价格基本稳定。
三是创新预期管理机制,稳定市场预期。加强政策信息发布,及时释放调控信号。加强期现货市场联动监管,遏制过度投机炒作。
“展望2023年,尽管国际大宗商品价格可能高位波动,输入性通胀压力仍然存在,但我国物价保持平稳运行具有坚实基础。粮食生产连续丰收,生猪产能合理充裕,重要民生商品供应充足,基础能源保障有力,保供稳价体系进一步健全,完全有信心、有能力继续保持物价总体稳定。”万劲松说。
(文图:赵筱尘 巫邓炎)